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解读MET14号外显子跳跃突变及其检测技术,看指南共识如何建议

作者:半夏|2021年11月24日| 浏览:1110

非小细胞肺癌(NSCLC)是肺癌最常见的病理类型,大多数患者在确诊时已属晚期,在某些特定驱动基因突变阳性的患者中,由于靶向药物的出现,患者预后有了较大提升[1]。间质-上皮细胞转化因子(MET)被认为是继表皮生长因子受体(EGFR)、间变性淋巴瘤激酶(ALK)之后又一重要的NSCLC分子治疗靶点[2]

 

MET14号外显子跳跃突变患者在临床试验以及个案报道中均显示出对MET抑制剂的良好疗效,提示MET14号外显子跳跃突变是靶向治疗的良好指标[2]。针对MET14号外显子跳跃突变,临床存在多种检测技术,本文将为带您深入了解MET14号外显子跳跃突变的检测现状。

MET14号外显子跳跃突变是一种独立的肿瘤驱动基因

MET14号外显子跳跃突变导致c-Cbl酪氨酸结合位点丢失,从而引起蛋白酶体介导的MET蛋白降解率降低,使MET信号持续激活,最终导致肿瘤发[1]。MET14号外显子跳跃突变在NSCLC中的发生率为3%-4%,高加索人群中MET14号外显子跳跃突变的发生率高于日本人和中国人群(3.0%-4.9% vs 0.9%-2.8%)[1]。MET14号外显子跳跃突变的发生率因组织学而异:在腺癌中约为2%,在鳞癌中约为1%,在腺鳞癌中约为6%,在肺肉瘤样癌中约为13%[3]。既往研究显示MET14号外显子跳跃突变不与EGFR、ALK等NSCLC的其他驱动基因共存,提示其代表一种独立的肿瘤驱动基因[4]

 

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NSCLC中检测到的驱动基因突变

精准检测MET14号外显子跳跃突变存在挑战

一项研究分析了60495例NSCLC患者的基因,共发现1387例(2.3%)NSCLC患者携带MET14号外显子跳跃突变。研究人员对这1387例患者进行检测,共检测出1393种MET14号外显子跳跃突变,横跨多个功能位点:供体区(donor,42%)、受体区(acceptor,4.7%)、多嘧啶序列(poly-pyrimidine tract,15%)、受体和多嘧啶序列(13%)、D1010(23%)、Y1003(2.1%)和全外显子缺失(whole exon deletions,0.3%)[5]。由此可见MET14号外显子跳跃突变类型多样且覆盖区域较广,精准检测MET14号外显子跳跃突变可能存在挑战。国内目前针对MET基因的靶向药让MET14号外显子跳跃突变肺癌患者看到了希望,但亟需精准、高效、便捷的检测方法对潜在的受益者进行筛选。

盘点目前MET14号外显子跳跃突变的检测技术

随着医疗水平的不断发展,检测技术不断提高,目前用于检测MET14号外显子跳跃突变的方法包括DNA二代测序(NGS)、14号外显子及其两侧内含子的Sanger测序、反转录-PCR(RT-PCR)和基于RNA的NGS检测等。与Sanger测序相比,RT-PCR和NGS检测具有更高的敏感性[1]

 RT-PCR

RT-PCR技术是近几年来用于诊断NSCLC微转移的最常用的技术,检测灵敏度比传统的免疫细胞化学方法高出10-100倍,可在106-107个正常细胞中检出1-10个肿瘤细胞[6]。RT-PCR法虽然能够较准确快速地探测到MET14号外显子跳跃突变的存在,但目前临床应用缺乏质量控制标准,基于mRNA层面的RT-PCR尚未获得相关指南及共识的推荐。

 NGS

NGS是目前被认为可检测突变类型最广泛的检测方法,传统上基于毛细管的单基因测序的第一代技术(如Sanger测序法)已被NGS所替代,因为NGS允许大量平行测序,而且具有成本更低和通量更高的特点。与传统方法相比,NGS技术取得显著进步,包括对完整基因组、外显子组和转录组的全面测序[7]。NGS又可分为基于DNA水平的测序和基于RNA水平的测序。研究证实,基于RNA水平的NGS相比基于DNA水平的NGS检测,用于检测MET14号外显子跳跃突变更为精准[3]

 

在一项实体瘤试验中,基于RNA水平的NGS检测出MET14号外显子跳跃突变的比例为4.2%,而基于DNA水平的NGS检测出MET14号外显子跳跃突变的比例为1.3%。用这两种方法检测286个样本发现,基于RNA水平的NGS检出了10例MET14号外显子跳跃突变,而基于DNA水平的NGS只检出了4例MET14号外显子跳跃突变[3]。不过RNA测序在临床实践中也存在技术方面的挑战,RNA比DNA更容易降解,这导致临床病例中获得的RNA质量可能会下降,特别是福尔马林固定的石蜡包埋样本[3]。不论是基于DNA水平和基于RNA水平的NGS都要求样本有较好的核酸质量,如果由于样本前处理或存储不当导致核酸质量下降则会严重影响检测的结果。

MET14号外显子跳跃突变检测已被纳入权威指南推荐

 

目前,MET14号外显子跳跃突变检测已被纳入2021年第6版美国国立综合癌症网络(NCCN)NSCLC临床实践指南、2021年中国临床肿瘤学会(CSCO)NSCLC诊疗指南和2020版二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识[8-10]

 

2021年第6版 NCCN NSCLC临床实践指南指出,对于MET14号外显子跳跃突变建议采用NGS基因检测,基于RNA水平的NGS显示出对检出结果的提升,不推荐使用免疫组化(IHC)技术进行检测[8]。2021版《CSCO NSCLC诊疗指南》指出,对于不可手术Ⅲ/Ⅳ期NSCC患者,可通过单基因检测技术或NGS在肿瘤组织中检测MET14号外显子跳跃突变,若组织标本不可及,可考虑利用循环游离DNA(cfDNA)/循环肿瘤DNA(ctDNA)进行检测[9]。《二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识(2020版)》指出,针对晚期新发或术后复发的NSCLC患者,结合患者实际临床情况,如需获得更多的潜在靶点信息,首次检测建议采用中国国家药品监督管理局(NMPA)或美国食品药品监督管理局(FDA)批准的检测产品,检测包括MET14号外显子跳跃突变和MET扩增等少见驱动基因变异[10]

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MET14号外显子跳跃突变检测被纳入2021年CSCO NSCLC诊疗指南

 

展望

最近批准检测MET14号外显子跳跃突变的辅助诊断方法有美国的FoundationOne NGS分析和日本的Archer MET分析。随着更多的基于肿瘤组织和血液NGS的使用,具有MET14号外显子跳跃突变的患者在接受全面的序列分析后被检测出来的概率越来越高[1]。不同的检测方法对于不同变异类型的敏感性不同,因此选择合适的检测方法至关重要。随着MET信号转导通路及其与肿瘤作用机制研究的深入,期待在目前检测方法的基础上会有更多新兴的检测方法被开发出来,这将对攻克肿瘤、改善人类健康起到重要作用。

 

参考文献:
[1]周晔,于雁.MET14外显子跳跃突变与非小细胞肺癌[J].国际肿瘤学杂志,2021,48(6):366-369.
[2]尹利梅,卢铀. MET14外显子跳跃突变在非小细胞肺癌中的研究进展[J]. 中国肺癌杂志,2018,21(7):553-559.
[3]Socinski MA, Pennell NA, Davies KD. MET Exon 14 Skipping Mutations in Non-Small-Cell Lung Cancer: An Overview of Biology, Clinical Outcomes, and Testing Considerations. JCO Precis Oncol. 2021;5:PO.20.00516.
[4]韩森,马旭,方健.非小细胞肺癌MET基因突变的机制及靶向药物研究进展[J].中国肺癌杂志,2020,23(7):609-614.
[5]Awad MM, Lee JK, Madison R, et al. Characterization of 1,387 NSCLCs with MET exon 14 (Metex14) skipping alterations (Sa) and potential acquired resistance (Ar) mechanisms[J]. JCO. 2020;38(15_suppl):9511-9511.
[6]谢风,李辉,孙晓盈. RT-PCR法检测非小细胞肺癌患者外周血Lunx mRNA的表达及临床意义[J]. 中国实验诊断学,2009,13(7):905-907.
[7]南娟(翻译),曹志成(校对),LARRY HOUSE,等. 肺癌的下一代测序技术[J]. 中国肺癌杂志,2014(1):57-68.
[8]NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology (NCCN Guidelines®)Non-Small Cell Lung Cancer Version 6.2021
[9]中国临床肿瘤学会(CSCO)非小细胞肺癌诊疗指南2021版
[10]中国临床肿瘤学会非小细胞肺癌专家委员会.二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识(2020版)[J].中国肺癌杂志,2020,23(9):741-761.

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