【案例二】海普洛斯检出肺癌原发型T790M耐药突变，高灵敏度技术揭示癌症原貌

病情记录

 

2014年8月24日，安先生因“间断咳嗽伴胸闷憋气1月余”去医院就诊，各项检查确诊为右肺腺癌IV期。

 

2014年9月10日CT结果显示，右肺转移、肝转移、右侧胸腔积液。临床采用EGFR-TKI 一线治疗，服用吉非替尼（Gefitinib）3个月后，病情稳定。

 

12月16日的CT扫描到原发灶肿瘤明显减小，后继续服用靶向药物吉非替尼；继续服用5.5个月，患者病情进展。

 

2015年2月27日，复查结果显示：原发灶肿瘤增大，肺门淋巴结转移，纵隔新发淋巴结转移，胸腔积液增多。

 

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基因检测：专利技术灵敏度高

 

患者分别在2014年9月15日、2014年12月17日和2015年2月27日三个时间点抽取外周血，由北京某三甲医院冻存。2015年8月，安先生的主治医生与深圳市海普洛斯生物科技有限公司建立合作，将安先生之前冻存的血样提取cfDNA后送往海普洛斯实验室进行基因检测。

 

海普洛斯从5ng的cfDNA中检测出来自肿瘤ctDNA的变异信息。目前各个检测平台采用的建库方法通常需要50ng以上的cfDNA起始量。海普洛斯采用的CUBE-ctDNA检测方法可以将起始建库量降低至5ng以下，极大地提高了灵敏度。

 

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测序结果分析

 

图2 安先生三个时间点基因检测结果与影像学结果

 

在安先生的三个时期样本中，都检测到了EGFR L858R 以及T790M这两个位点突变（图2）。EGFR L858R突变是一个EGFR-TKI 敏感型突变，而EGFR T790M突变是一个EGFR-TKI 耐药型突变，两者的突变率随着疾病的发展而变化，与临床疾病发展相吻合。

 

如何理解敏感型突变和耐药型突变呢？

 

EGFR-TKI药物对敏感型突变的治疗是有效的，而对耐药型突变的治疗却是无效的。所以，在安先生进行靶向治疗之前，就已经存在原发的耐药突变了，这是安先生服用EGFR-TKI药物一段时间后，耐药突变增加，病情加重的原因之一。

 

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报告解读

 

表1 各时间段突变率及病情变化

 

时间	2014.9.15	2014.12.17	2015.2.27
EGFR L858R突变率（敏感型）	5.2%	1.3%	12.6%
EGFR T790M突变率（耐药型）	0.208%	0.469%	9.219%
病情	治疗前	肿瘤明显减小	肿瘤明显增大

 

在2014年9月15日的样本检测结果中，EGFR L858R突变率为5.2%，EGFR T790M突变率为0.208%。说明安先生对EGFR-TKI敏感，在使用吉非替尼（一代EGFR-TKI）之后，2014年12月17日影像学显示肿瘤明显缩小，此时EGFR L858R突变率为1.3%，EGFR T790M突变率为0.469%。但是在继续服用吉非替尼5.5个月后，安先生病情进展。2015年2月27日，影像学显示肿瘤明显增大。对2015年2月27日样本进行基因检测，结果发现EGFR L858R突变率为12.6%，EGFR T790M突变率为9.219%。说明患者对EGFR-TKI已经产生耐药，需要更换治疗方式。

 

而第三代EGFR-TKI对EGFR敏感型突变以及T790M耐药突变都有很好的治疗效果。因此，检测结果表明患者适合使用第三代EGFR-TKI（AZD9291、HM61713等）。

 

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案例总结

 

安先生案例的总结如下：

 

1、 海普洛斯检出原发型耐药突变的结果与病情相符：

 

如图2中所示，T790M耐药位点在2014年9月就有少量突变（丰度0.208%），而此时，该患者没有经过任何治疗，说明此时的T790M是原发性的耐药突变。该结果说明安先生服用EGFR-TKI药物很可能产生耐药，后期的结果显示病情进展，耐药突变率增加，这说明海普洛斯检出安先生存在原发性耐药位点的结果是准确的。

 

无独有偶，另外一项关于非小细胞肺癌EGFR T790M耐药突变的研究表明^[1]：由于传统DNA测序技术灵敏度的局限性，原发性的EGFR T790M耐药突变往往很难被检测出来。

 

该研究采用ddPCR技术对带有EGFR激活突变的373份手术切除的非小细胞肺癌样本进行检测，结果发现80%的样本带有原发性的EGFR T790M耐药突变，并且该耐药突变的频率非常低，在0.001%至0.01%之间。

 

该研究还表明在肿瘤体积较大和已经发生了EGFR激活突变的患者中，EGFR T790M耐药突变是非常普遍的。这和海普洛斯的检测结果吻合，进一步证明了检测结果的准确性。

 

2、海普洛斯专利技术灵敏度更高：

 

2014年12月，海普洛斯也监测到了T790M变异，且丰度升高。用常规的qPCR技术，无法探测到丰度低于1%的变异，所以以往对T790M原发继发的认识可能有错误。从这个案例得知，有部分T790M是原发的。

该案例有效的说明，一种更加精准的动态监测技术需求迫切。海普洛斯的专利技术能帮助医生制定更加精准的治疗方案，为患者定制个性化检测服务。

 

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参考文献

[1] Ultra-sensitive detection of the pretreatment EGFR T790M mutation in non-small-cell lung cancer patients with an EGFR-activating mutation using droplet digital PCR，DOI:10.1158/1078-0432.CCR-14-2151.