当前位置: 首页肿瘤资讯正文

哪些患者需要基因检测?NGS报告不会读?看完这篇就够了!

|2022年10月20日| 浏览:960
随着肿瘤诊疗精准化,二代测序(NGS)在治疗决策方面具有重要指导意义。但临床如何应用?选择什么检测方式?以及报告如何解读?这些都给临床医生带来困扰。
今天,我们就NGS的患者选择、检测模式以及报告解读3个方面进行阐述。
哪些患者需要进行基因检测?

如上所述,NGS可用于靶点和生物标志物检测、化疗药物敏感性检测及遗传性肿瘤基因/肿瘤遗传易感性检测。
广义上讲,所有肿瘤患者均可以接受基因检测;狭义上讲,根据指南推荐,不同的病种、不同的分期、出于不同的目的,不同的患者,适合做不同的基因检测。
以下两种情况,可考虑跳过基因检测,直接进行靶向治疗:

(1)靶向药单一
一些种类的癌症,可能突变类型比较单一,对于靶向药也没有可选余地,这种情况下,可以选择盲试,一旦发现没有效果,就需要另选他法。
(2)生存期不乐观
对于一些生存期不乐观癌症患者,可节省时间进行盲试,挑选概率最大的进行尝试。
如何设计合适的基因检测方案?

检测方案的选择要从患者实际患病情况出发,为患者选择最适合方案以达到精准诊断的目的。有两点选择标准:

(1)表型越非特异越应选择相对全面的方案
当一个疾病表型很确定时,只需要选择相对明确的直接检测。而对于一些非特异性的遗传表型,为达到更高阳性检出率必须做相对大而全的方案。
(2)家系模式比先证者模式检测更严谨
先证者模式是只对家系中第一个发现该病的患者(先证者)一个人进行检测,数据分析后有疑似致病性位点,再进行父母或其他患病成员的家系Sanger测序验证。家系模式是对先证者及其父母全部进行NGS测序。家系模式会提高阳性诊断率,因其可以从遗传学上考虑见到更有意义的变异位点,如:De novo突变、纯合突变、复合杂合突变等,通过家系筛查可以判断变异致病性,有更强的遗传学证据,同时避免出现先证者模式可能造成的假阳性结果。
手把手教你解读NGS报告

二代测序临床报告解读肿瘤学专家组于2022年发表《肿瘤二代测序临床报告解读共识》,帮助临床医生做出正确的临床决策。共识针对以下三大要点:

(1)临床靶点或驱动基因相关体细胞变异注释及解读
根据2017年AMP/ASCO/CAP联合制定的体细胞变异解读指南,体细胞变异在不同癌种中对应的药物敏感性证据分为4个等级。

图片

该体细胞变异解读指南在国内影响范围最广,许多第三方NGS检测公司的临检报告即遵循
该指南的分级原则对基因变异进行解读。

图片


(2)NGS报告解读及临床决策
1)“全阴报告”的解读
首先考虑以下两点问题:
①送检样本中是否含有足够肿瘤成分?
②肿瘤常见变异是否能被该panel覆盖?
以上评估可以帮助我们判断,该“全阴”结果是提示“X基因野生型”可能性大,还是“X基因状态未知”可能性大。
2)基因融合、MET 14外显子跳读突变的解读
DNA测序检测融合需要同时覆盖外显子和内含子,而内含子区域常见重复区、同源区,干扰DNA-seq检测灵敏度;同时panel设计往往难以全部覆盖。
RNA测序更灵敏更直接,同时验证功能。
基于以上情况,NCCN的NSCLC指南(2021 v1版)建议,如果使用DNA检测NGS技术没有检测到任何驱动突变时,建议补充以RNA为基础的NGS检测,以增加基因融合及MET 14外显子跳读突变的检出率。
3)突变丰度及拷贝数的解读
突变丰度指某个基因位点所有的等位基因中,突变的等位基因所占的相对比例,即突变型/(突变型+野生型)。
拷贝数变异,是基因组上部分区域的扩增或缺失。NGS可通过对该区域的覆盖度(测序深度)来估算拷贝数变异。
基于不同的样本类型,对突变丰度及拷贝数的计算存在一定差异。
4)多基因多变异的解读
对于多基因变异、特别是多个潜在驱动变异共存的情况,要结合肿瘤类型、既往治疗史、相对突变丰度、既往分子检测结果等信息综合判读,以推测不同变异之间的逻辑关系(原发性vs.获得性,主克隆vs.亚克隆,敏感克隆vs.耐药克隆),指导后续治疗。
5)胚系突变分级注释
对检出的胚系突变,应参照胚系突变解读流程进行注释及解读。仅有4/5级胚系变异具有相应的临床指导价值。

图片


6)NGS可报告的基因组标签
①肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB)指肿瘤基因组编码区包含的非同义突变的数量或密度(突变数/Mb),是肿瘤新抗原负荷的替代指标。目前TMB在大量免疫治疗临床研究中证实其对疗效的预测价值。
②微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)/错配修复(mismatch repair,MMR)检测对于多种实体瘤患者具有重要临床意义。对MSI的准确评估同样也建立在一定肿瘤占比的基础上。对于MSI检测结果,应综合样本肿瘤占比、TMB水平、肿瘤突变谱特征等信息综合分析,判断其可信度。
③同源重组修复缺陷(HRD)通常指细胞水平上的同源重组修复(homologous recombination repair,HRR)功能障碍状态,HRD可由HRR相关基因胚系突变或体细胞突变以及表观遗传失活等诸多因素导致。HRD已成为晚期卵巢癌患者临床应用PARP抑制剂的新型生物标志物,也可能对乳腺癌、前列腺癌等肿瘤的PARP抑制剂和铂类药物的临床用药具有指导价值。
(3)可报告范围及质量控制
当临床医生拿到1份NGS临检报告时,应关注其样本主要质控参数、可报告范围(检测内容)、检测方法及其局限性等相关内容,这关系到结果是否真实可信。
检测方法说明示例如下:

图片


样本主要质控参数示例如下:

图片

综上即为NGS种类汇总及临床应用注意点。

 

 


PS. 如果你正在寻找新药临床项目,欢迎扫码添加微信咨询,帮你少走冤枉路,不花冤枉钱,也欢迎转发给身边其他病友~

本文仅供医学药学专业人士阅读

本文来源: 医学界肿瘤频道 发表,转载请注明来源!如有侵权请联系删除
案例分享:淫羊藿素软胶囊与靶免药物协同增效,晚期肝细胞癌后线治疗再挑战PR一例
上一篇

案例分享:淫羊藿素软胶囊与靶免药物协同增效,晚期肝细胞癌后线治疗再挑战PR一例

mRNA癌症疫苗离我国患者有多远?
下一篇

mRNA癌症疫苗离我国患者有多远?

阅读相关文章
最新医生问答